В 2010 году огромные ураганы, пронесшиеся по всему миру, почти уничтожили планету. Погибло 5 миллиардов жителей. От живших ранее на планете 9 миллиардов населения осталось лишь 4. Была разрушена экономика, нарушен баланс сил в мире. Северную Америку, Россию и Северную Европу покрыл толстый слой льда. Долины превратились в моря. Наступила эра хаоса. Японское правительство создало специальную экономическую зону и ему удалось частично восстановить страну. Технология Рowered Assist, которую разрабатывали долгое время, сыграла важную роль в процессе восстановления, но в других областях царила бедность и нищета.

Правящий класс называл себя Logos. Они начали использовать Рowered Assist в военных целях. Бедняков здесь называли Revenus, и отделились от них стеной.

Phantom - спецотряд, созданный чтобы следить за Revenus и бороться с ренегатами внутри зоны обитания Logos. Главный персонаж Katsuragi Jo и Tsurasawa Hitoshi уходят из Phantom, забирая с собой девочку по имени Noto Saya. С этого момента начинаются их загадочные и опасные приключения.